近日,贵州省农业科学院亚热带作物研究所薏苡研究团队在《Scientifc Reports》上发表题为“Construction of a high‑density genetic map based on large‑scale marker development in Coix lacryma‑jobi L. using specifc‑locus amplifed fragment sequencing (slaf‑seq)”文章。该团队通过全基因组重测序技术构建了首个薏苡高密度SNP遗传图谱。该研究为薏苡品质、抗性及药用成分相关分子标记开发、分子标记辅助育种和功能基因图位克隆提供信息基础和技术支持。

该团队以“Y113”ד黔薏苡 2 号”杂交的F2 群体,进行了SLAF测序,旨在为薏苡的高密度遗传连锁图谱构建,确定足够多的高质量分子标记。从这些数据中检测到53,023个高质量的SLAFs,在22,944个SLAF 标记中,3,952个SLAF 标记来自亲本平均测序深度为66.925 倍,子代平均测序深度为12.82 倍,这些 SLAF标记被用作构建遗传图谱。随后,有3605个多态性标记--被成功地编码在孟德尔遗传类型并符合高质量分子的标准,被定义为构建薏苡遗传连锁图谱的有效遗传标记。该团队建了一副完整的遗传图谱,其中包括10个连锁群上的3605个标记,跨越 1,620.39 cM,平均标记间的距离为0.45cM。在这些标记中,有593个(17.39%) 表现出显著的偏分离(P<0.05)。因此,大批量开发适于高通量分析的分子标记,并构建高密度的薏苡遗传连锁图谱,才能将不断增多的基因组信息剖析到相应的染色体片段上,并辅助重要数量性状基因的图位克隆,开展有目的的遗传育种工作。

省农科院热作所杨成龙、周明强、班秀文为论文第一作者,贵州大学高级农艺师王健和中国热带农业科学院研究员郭建春为论文共同通讯作者。该研究得到国家自然科学基金、贵州省农业科学院青年基金、贵州省农业科学院院专项、贵州省农业科学院国基金后补助项目及贵州热区特色作物种质创新与高效关键技术研究项目资助。